Пакеты прикладных программ. Abinit. Abinit  свободно распространяемое программное обеспечение, предназначенное для расчтов полной энергии, электронной плотности и т. Поддерживает распараллеливание с использованием стандарта MPI для систем с распределенной памятью и технологии CUDA для графических процессоров. ABy. SSABy. SS Assembly By Short Sequences сборщик геномных последовательностей из коротких секвенированных фрагментов генома. В качестве основной структуры данных использует граф де Брюина. Параллельная версия сборщика реализована на основе стандарта MPI. Auto. Dock Vina. Auto. Dock Vina популярная многопоточная программа с открытым исходным кодом для молекулярного докинга. Параллельный MPI вариант программы Vina. LC. BEAST BEAGLEBEAST  кросс платформенная программа  для байесовского анализа молекулярных последовательностей с использованием марковских цепей Монте Карло MCMC. Распространяется по лицензии GNU Lesser General Public License. Имеет поддержку графических процессоров GPU путем использования CUDA и Open. CL. Распространяется бесплатно по лицензии GNU GPL. Поиск оптимизированной геометрии кристалла, проведение самосогласованного расчета с использованием Quantum ESPRESSO. Основные возможности программного пакета PC GAMESS. Основные возможности свободных математических программ Maxima,. BLASTBLAST Basic Local Alignment Search Tool  семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура последовательность или е фрагмент. Известны реализации BLAST для различных параллельных архитектур, например, mpi. BLAST и GPU Blast. Допускает распараллеливание на множество независимых процессов. ESPRes. So. ESPRes. So  универсальный программный пакет молекулярной динамики с открытым исходным кодом для моделирования полимеров, жидких кристаллов, биологических систем в частности, ДНК и липидных мембран и других. Использует стандарт MPI для распараллеливания. Firefly. Firefly прежнее название PC GAMESS один из самых популярных и высокопроизводительных пакетов вычислительной химии. Основное направление  расчет больших и сверхбольших молекулярных систем. Включает реализации основных вычислительных квантово химических алгоритмов для современных процессорных архитектур и параллельных сред. Пакет Прикладных Программ Quantum Espresso Руководство И Описание' title='Пакет Прикладных Программ Quantum Espresso Руководство И Описание' />Пакеты прикладных программ. Abinit свободно распространяемое программное обеспечение, предназначенное для расчтов полной энергии, электронной плотности и т. Поддерживает стандарт MPI. Для работы с пакетом необходимо разрешение автора. GROMACSGROMACS GROningen MAchine for Chemical Simulations пакет молекулярной динамики с открытым исходным кодом для моделирования физико химических процессов, в том числе динамики крупных молекулярных систем. GROMACS ориентирован на использование на высокопроизводительных вычислительных кластерах, обладает высоким уровнем масштабируемости. Имеет две параллельные реализации с использованием MPI и POSIX threads. Из дополнительных возможностей поддержка выполнения части вычислений на GPU. HMMERHMMER  свободно распространяемый программный пакет для поиска последовательностей в базах данных для гомологов белковых последовательностей, а также для их выравнивания. В основе алгоритмов пакета лежит теория скрытых марковских моделей, имитирующих работу процесса, похожего на марковский процесс с неизвестными параметрами, и задачей ставится разгадывание неизвестных параметров на основе наблюдаемых. Пакет имеет параллельную реализацию для кластеров MPI HMMER и графических процессоров GPU HMMER. HOOMD blue. HOOMD blue Highly Optimized Object oriented Many particle Dynamics Blue edition пакет программ для моделирования процессов молекулярной динамики с использованием графических процессоров GPU. LAMMPSLAMMPS Large scale AtomicMolecular Massively Parallel Simulator  свободно распространяемый программный пакет для решения задач молекулярной динамики. Может применяться для крупных расчетов до десятков миллионов атомов. Поддерживает распараллеливание с использованием интерфейса MPI. Для части расчетов позволяет использовать графические процессоры GPU. MAKER MAKER  переносимый легко настраиваемый программный конвейер для аннотации геномов. Поддерживает стандарт MPI для запуска на вычислительном кластере. Допускает бесплатное использование в научно исследовательских целях. Many. SATMany. SAT  многопоточный SAT решатель, использующий вариации стандартного алгоритма DPLL DavisPutnamLogemannLoveland. Mira. XTMira. XT  многопоточный SAT решатель, предназначенный для использования потенциала многопроцессорных систем с общей памятью путем применения стандарта POSIX threads. Mr. Bayes Mr. Bayes набор алгоритмов филогенетического анализа и реконструкции предковых последовательностей с помощью байесовского метода. Предназначен для анализа разнородных данных. В анализ могут быть включены качественные и молекулярные количественные данные, аминокислотные и нуклеотидные последовательности, митохондриальные и ядерные гены одновременно. Поиск оптимального решения осуществляется с помощью связанных марковских цепей Монте Карло MCMC. Поддерживает распараллеливание с использованием интерфейса MPI. Также имеет реализацию для графических процессоров  GPU Mr. Adobe After Effects Cc Не Запускается. Bayes. MUMmer. MUMmer программная система с открытым исходным кодом для высокоскоростного выравнивания больших геномных последовательностей. Также используется для сборки геномов из фрагментов. Имеет параллельную реализацию для графических процессоров MUMmer. GPU. NAMDNAMD NAnoscale Molecular Dynamics бесплатная программа для молекулярной динамики, написанная с использованием модели параллельного программирования Charm, обладающей высокой эффективностью распараллеливания и часто используемой для симуляции больших систем миллионы атомов. Программа поддерживает распараллеливание с использованием стандарта MPI и технологии CUDA. NWChem. NWChem New Wave Chemistry пакет программ для смешанного квантово механического и молекулярно динамического моделирования. Позволяет проводить расчеты геометрии молекулярных структур, расстояний между атомами, сил взаимодействия, свободных энергий поверхностей и др. Оптимизирован для параллельного использования сотен и тысяч процессоров на основе стандарта MPI. Свободно распространяется под собственной лицензией в виде бинарных кодов и исходных текстов. Octopus. Octopus программный пакет для расчета электронной структуры в рамках теорий функционала плотности DFT и TDDTF. Использует для распараллеливания стандарты MPI и Open. MP, имеет поддержку графических процессоров GPU через Open. CL, может масштабироваться на десятки тысяч процессоров. Open. FOAMOpen. FOAM Open Source Field Operation And Manipulation CFD Tool. Box открытая интегрируемая платформа для численного моделирования задач механики сплошных сред. Поддерживаем распараллеливание в рамках моделей распределенной и общей памяти. Open. MXOpen. MX Open source package for Material e. Xplorer квантово механический программный пакет для моделирования наноструктур, основанный на использовании теории функционала плотности DFT и псевдопотенциалов для известных типов атомов. Реализует различные технологии распараллеливания MPI для систем с распределенной памятью, Open. MP для систем с общей памятью, MPIOpen. MP гибридное. Распространение пакета и его исходных кодов соответствует лицензии GPLv. ORCAORCA  бесплатный для научно исследовательских целей программный пакет для расчтов методами квантовой химии ab initio, DFT, semiempirical SCF MO. Параллельная реализация ORCA базируется на протоколе MPI. PHYLIPPHYLIP PHYLogeny Inference Package свободно распространяемый пакет для построения и визуализации филогенетических деревьев. Доступна реализация пакета для MPI кластеров www. MPI PHYLIPPMSat. PMSat параллельная MPI версия Sat решателя Mini.